I l’ epidemiologie et les causes des emergences virales





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date de publication08.11.2017
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Virologie 1

Mardi 21 octobre de 11h30 à 12h30

Pr François Simon

Esther Chouraqui


Les infections virales émergentes

Plan
I L’ EPIDEMIOLOGIE ET LES CAUSES DES EMERGENCES VIRALES
II LA NATURE DES VIRUS : NOTION D’ ARBOVIROSES
III EXEMPLES D’ EMERGENCE VIRALE DANS LES DIFFERENTS CONTINENTS
IV LA PREVENTION ET LES PERSPECTIVES
N.B. : Sur le site de Clément et Auriana, vous trouverez :

- les diapos du cours

- la ronéo

- le cours rédigé que le prof m’a envoyé par mail

I L’ EPIDEMIOLOGIE ET LES CAUSES DES EMERGENCES VIRALES
1.1. Généralités
Définition résumée d’André LWOFF (1953) :
- Un virion = un acide nucléique et des protéines en une structure définie : un « core » +/- une enveloppe

- Le virion ne possède qu'un seul type d'acide nucléique = ADN ou ARN  

- Multiplication intracellulaire obligatoire

- C'est un parasite absolu de la cellule = utilisation des enzymes cellulaires
Ce sont surtout les virus à ARN qui sont problématiques, car ils ont une capacité de mutation importante.

Il existe une spécificité virale, c'est-à-dire qu’un certain type de virus à tendance à préférer un certain type de cellule hôte, et ceci a une incidence sur le traitement donné.

Les virus avec enveloppe sont plus sophistiqués mais plus fragiles : si l’enveloppe est détruite, leurs récepteurs le sont aussi.
1.2. Définitions : maladies émergentes et réémergentes d’origine virale
- Émergent : découverte d’un agent viral avec diffusion épidémique plus ou moins marquée dans l’espèce humaine

Ex : SIDA (1982) , HCV (1990), SRAS (2003)…
- Ré-émergent : connu, qui s’est déjà manifesté, a plus ou moins disparu et qui réapparaît de façon épidémique

Ex : Variole du singe, Fièvre Jaune,…

La ré – émergence peut être due à des modification de pathogénicité en fonction des conditions des sujets (perte d’immunité) et/ou des modifications écologiques (modification vectorielle).

- Découverte de virus inconnus, pré existant et révélés à l’occasion de conditions pathologiques particulières comme l’immunodépression.

Ex : HHV-8
N.B : SRAS = Syndrome Respiratoire Aigu Sévère = infection respiratoire virale semblable à la pneumonie.

HCV = Virus de l’hépatite C

Variole du singe = Monkeypox

Le HHV-8 (herpès virus humain 8) est fortement associé à la survenue du sarcome de Kaposi
1.3. Historique des émergences virales chez l’homme
- Fièvre jaune dans le Nouveau monde, au cours du XVIe siècle,

- Diffusion de la dengue dans toutes les régions tropicales du monde, au XVIIIe siècle.

- La variole lors de la traite triangulaire, dans des populations amérindiennes immunologiquement vierges

- La grippe espagnole au début du XXème siècle
Accélération du phénomène au cours des dernières décennies :
- Fièvres hémorragiques virales en Afrique et en Amérique

- Sida (1981)

- HCV en Egypte et Afrique Tropicale (1989)

- Grippe aviaire H5N1 (Hongkong, 1997)

- le SRAS (Chine du sud, 2002).

- le Chikungunya (ile de la Réunion 2005)

1.4 « vie et mort des maladies infectieuses » (Charles Nicolle)
- Animaux, hommes, plantes, et « microbes » se partagent la biosphère (le monde vivant et son environnement) en général dans un système en équilibre
- La rupture d’équilibre cause des dommages à l’ensemble = toute modification de population (hommes, animaux, plantes, germes) ou d’environnement, modifie cet équilibre et peut résulter en l’émergence de germes nouveaux ou plus virulents.

Exemple du VIH : Initialement uniquement chez les singes, mais il est passé chez l’Homme (passage de la barrière d’espèce) à cause de la déforestation majeure en Afrique (modification de l’environnment), de la mauvaise hygiène (transfusions, drogue) et de la prostitution.
- Retour massif des germes au XX-XXIè siècles, particulièrement les virus = menace pour la santé publique & la sécurité
1.5. Mécanisme des zoonoses

- Les zoonoses sont des maladies infectieuses ou parasitaires affectant principalement les animaux, transmissibles à l’homme par les animaux et réciproquement.

- L’Animal fait donc office de réservoir pour de nombreuses viroses transmissibles à l’Homme.

- La définition de la zoonose implique l’existence d’un équilibre entre l’Homme et l’Animal.
- Donc : modification de l’environnement

=> modification de l’habitat animal

=> incidence sur l’espèce porteuse du virus

=> incidence sur la dissémination du virus chez l’Homme
- Ex : augmentation de la chaleur et de l’humidité

=> conditions favorables à la reproduction des moustiques

=> l’augmentation du nombre de moustiques augmente la transmission du pathogène porté et donc l’incidence sur la population humaine
1.6. Causes de l’émergence virale (+++)
1. Population taille : surpopulation, promiscuité, urbanisation, not. en Asie

2. Population mobilité : échanges rapides (avion)

3. Hygiène dégradée, promiscuité : urbanisation

4. Environnement modifié :

- densité vectorielle

- promiscuité homme-animal : porc, singe, chauve souris, civette..

- grands travaux : barrages, fleuves, routes, agriculture, forêt

- réchauffement climatique et diffusion des vecteurs

5. Agro-industrie: modes de culture, élevage, circulation des produits

6. Comportements modifiés : toxicomanie, homosexualité..

7. Injections non stériles, transfusions ++

8. Perte des contacts vectoriels immunisants avec l’urbanisation

9. Résistance aux anti-infectieux

- usage excessif des anti-infectieux (humain et animal)

- adaptation des microorganismes
1.8. Manifestations cliniques
Selon le pouvoir pathogène, la porte d'entrée, le tropisme… :
- Atteinte respiratoire: SRAS, grippe

- Syndrome hémorragique: Ebola, Lassa, fièvre du Rift

- Encéphalites: virus West Nile

- Cutanées: Monkeypox

- Hépatites, atteintes rénales, multiviscérales

II LA NATURE DES VIRUS : NOTION D’ ARBOVIROSE
2.1. Emergence et genre viral; le plus souvent avec les virus à ARN


 

ARN

ADN


ENVELOPPES

alphavirus

Filovirus

Flavivirus

Hepacivirus

Paramyxovirus

Coronavirus

Rétrovirus

Arénavirus


Monkey poxvirus


NUS

 

Bocavirus

Polyomavirus


Les viroses émergentes sont le plus souvent dues à des virus à ARN, car

- Taux élevé de mutation (par rapport aux virus à ADN)

- donc meilleure adaptation au nouvel hôte (l’Homme)
2.2. Notion d’arboviroses
- Arboviroses pour ARthropod BOrne VIRus : virus transmis par des arthropodes (notamment arachnides, insectes, crustacés) qui sont des vecteurs de la maladie
- > 600 arbovirus déjà recensés , >100 pathogènes pour l’homme,

- essentiellement en milieu tropical

- 3300 espèces de moustiques décrites en 35 genres (capables de voyager dans les soutes des avions => transmission)

- Nombreux vecteurs : tiques, poux, punaises…qui ne sont pas passifs mais ont au contraire un

rôle actif dans la multiplication du virus (cellules intestinales du moustique par ex)

III EXEMPLES D’ EMERGENCE VIRALE DANS LES DIFFERENTS CONTINENTS
3.1. La dengue : de la « grippe tropicale » à la fièvre hémorragique
- Provoquée par quatre types de virus (1,2,3,4) transmis à l'homme par des Aedes aegypti (moustique)

- Clinique : majoritairement grippe tropicale (qui « casse bien ») mais dans 1% des cas, forme hémorragique, surtout en Asie du Sud-Est

- en pleine recrudescence : 100 millions de personnes chaque année dont plusieurs milliers de morts surtout des enfants.
- La forme hémorragique émergente s'est étendue en Amérique latine : on voit comment une maladie qui était au départ localisée est devenue mondiale.

La cause : transport du vecteur comme le montrent les cartes suivantes :
Répartition en Amérique du Sud de Aedes aegypti en 1970 et en 2002


En 30 ans, Aedes Aegypti a colonisé l’Amérique du sud et cela coïncide avec l’extension de la dengue sur ce continent.

Le transport du vecteur est en grande partie dû au développement du commerce de vieux pneus car :

- importation depuis l’Asie

- pneus souvent humides avec de l’eau à l’intérieur = très bon gîte larvaire
3.2. Emergence virale en Afrique : EBOLA, archétype de la virose émergente
- découverte en 1976 au Zaïre et au Soudan

- des anticorps du sous-type Zaïre ont été détectés dans le sérum de trois espèces de chauves-souris tropicales 

- fort taux de mortalité ; résumé des épidémies Ebola : 1 880 cas, dont plus de 1 200 mortels en Afrique

- très contagieux

- Diagnostic de la fièvre Ebola :

  • mise en évidence des antigènes spécifiques en ELISA ou des gènes du virus par PCR y compris sur la salive : immunologie

  • risque biologique extrême, conditions de confinement les plus rigoureuses possibles.


3.3. La variole du singe chez l’homme


- Symptômes :

  • éruption papulo-vésiculeuse d’apparition brutale

  • forte concentration sur le visage et les membres inf et sup.


- Réémerge depuis l’arrêt de la vaccination anti variolique

  • mortalité de 1,5 à 10%

  • séquelles cutanées fréquentes







3.4.Fièvre hémorragique crimée à Nouakchott (Congo) et en Mauritanie en 2003 :
Une épidémie limitée par une intervention rapide

- Passage de l’infection par des tiques du genre Hyalomma

- 2003 : sécheresse ++ en Mauritanie: afflux des nomades et des troupeaux en zone péri urbaine

- Premier cas : un boucher contaminé hospitalisé aux urgences puis transmission nosocomiale :

l’ensemble des patients et des médecins en contact avec le patient source décèdent

- Mesure d’isolement et d’hygiène = arrêt de l’épidémie
3.5. La grippe aviaire
- Les voies de transmission du H5N1 :

  • Volailles vivantes

  • Commerce d’oiseaux sauvages

  • Oiseaux migrateurs : canards, oies, cygnes (H5, H7)


- Diffusion actuelle du virus H5N1


- On craint que le virus H5N1ne provoque une épidémie semblable à la grippe espagnole, dont voici les caractéristiques :

  • Epidémie d’extension universelle (pandémie)

  • Recombinaison d’un segment de gène HA entre un gène aviaire et un gène porcin

  • Environ 40 millions de morts

  • Age moyen 33 ans


- Mortalité H5N1, aspects cliniques :

  • Mortalité forte avec H5N1 parmi les nourrissons et les jeunes enfants : 89% en Thaïlande chez les moins de 15 ans.

  • Survenue du décès en moyenne 9 à 10 jours après le début des symptômes, par insuffisance respiratoire aiguë.


- La grippe aviaire H5N1, épidémiologie :

  • le virus pandémique n’existe pas encore et résulterait de la recombinaison entre le H5N1 et une souche infectant l’homme ou d’une mutation importante du virus.

  • pour l’instant H5N1 peut infecter l’Homme de manière accidentelle mais ne passe pas d’Homme à Homme.

  • la propagation de l’infection chez les oiseaux augmente la probabilité de l’apparition d’un nouveau virus grippal dans la population humaine. Comme tous les virus grippaux de type A, le sous-type H5N1 a une grande capacité à muter au cours du temps.


- moyens de lutte contre une pandémie : plan blanc = isolement et antiviraux


3.6.Virus de l’Encéphalite Japonaise
- Souvent asymptômatique mais forme grave : encéphalite : ~ 25% fatal, 50% séquelles psychiatriques

- Le plus souvent chez l’enfant

- Zoonose, entre moustiques et oiseaux aquatiques ou porcs

- 45 000 cas par an en Asie au minimum

- Existence d’un vaccin pour voyageur
- Typiquement lié à des modifications population – alimentation :

  • Accroissement des populations en Asie tropicale d’où :

=> développement des élevages de porcs et expansion de la riziculture d’où :

=> pullulation des moustiques d’où :

=> 2005, l’encéphalite japonaise a tué 764 enfants dans le nord de l’Inde et 259 au Népal, aucune vaccination de la population infantile n’étant assurée par les autorités sanitaires locales.
3.7. Chikungunya
- transmis par Aedes albopictus préférentiellement à la Réunion (autre Aedes aux Comores, Mayotte, Maurice)

- Moustique agressif et grand colonisateur

- Réservoir : singe

- Rôle important du climat (l’hiver n’a pas stérilisé les gîtes larvaires)

IV PREVENTION ET PERSPECTIVES
4.1. Les moyens de lutte



Pour prévenir les émergences virales, on peut :

- surveiller les modifications écologiques

- surveiller les espèces vectrices (vaccins animaux, stériliser les gîtes larvaires

- au niveau humain, respecter les mesures d’hygiène élémentaire

4.2. La recherche
Les laboratoires L4 en Europe:

- laboratoire de haute sécurité, dans lesquels on cultive les moustiques et on isole les virus.

- on utilise des techniques de biologie moléculaire pour trouver des traitements.

4.3. Nouveaux virus et prise en charge thérapeutique
Lorsqu’à l’hôpital un patient présente une anomalie de réponse aux antigènes classiques ou à la symptomatologie dans un cadre épidémiologique donné, la marche à suivre est la suivante :

  • tests HIV, HCV…

  • isolement => sérodiagnostic => PCR => traitement => prévention


- Vigilance devant les pathologies suspectes

- Sécurité du personnel soignant et techniques : information, masques, gants, vaccination

- Préparation et validation des procédures et des moyens techniques


CONCLUSION (tirée du cours rédigé du prof)
La répartition des espèces montre que c’est dans le monde intertropical que la biodiversité est la plus importante mais les risques d’émergence sont très largement partagés par l’ensemble de la population mondiale. Un des facteurs clef de l’émergence de ces viroses est la concentration de population humaine. C’est dans le rapport que celle-ci pourra entretenir avec son milieu et dans le respect des règles d’hygiène et de salubrité que se joue le futur des viroses émergentes. Le rôle des médecins reste fondamental dans l’identification de ces viroses et dans la prise en charge des patients dans le respect des règles d’hygiène. La diffusion nosocomiale de ces infections, comme cela a été souvent le cas dans le passé, peut être évitée par l’hygiène médicale. Le développement spectaculaire de la biologie moléculaire, s’il permet d’espérer la mise en place de tests pour identifier ces pathologies émergentes, ne doit pas faire oublier que celles-ci représentent les difficultés de l’adaptation de l’homme moderne à son milieu et que le respect de ce dernier est une des clefs de la prévention.

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