Questionnaire Présentation personnelle





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date de publication05.10.2017
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Questionnaire


Présentation personnelle
Étudiants du DESS de Gestion de la Technologie et de l’Innovation en collaboration entre le INSTN - CEA Saclay et l’Université de Paris Dauphine, nous sommes amenés, dans le cadre de notre cursus, à réaliser une étude sur le potentiel d’une technologie innovante pour le traitement et analyse d’image des puces ADN qui à été développée au sein du Commissariat a l’Energie Atomique (CEA).
Pour mener à bien une veille technique, économique et prospective de cette technologie nous voudrions pouvoir obtenir l’avis d’experts sur le marché des puces ADN. Ces avis permettront d’enrichir les informations déjà obtenues après une étude bibliographique ainsi que de commencer à dégager des tendances futures.
Cette phase initiale du questionnaire s’avère donc essentielle pour pouvoir établir les étapes nécessaires pour l’élaboration d’un questionnaire DELPHI qui suivra.
Nous vous remercions d’avance pour votre coopération et pour le temps dédié aux réponses de ce questionnaire. Nous sommes à votre disposition pour tout renseignement complémentaire,
Carlos C. Meca Jérôme Ramirez-Vega

Mobile : 0698016702 Mobile : 0664640915

Courriel : mecacarlos@yahoo.fr Courriel : Jerome.ramirez@freesbee.fr

Présentation techno
Les puces ADN sont utilisées pour comparer l'expression des gènes dans différentes populations de cellules. Pour cela des sondes ADN sont greffées ou cultivées sur un lame de verre formant des spots, et incubées avec les cibles ARN à étudier des populations d’étude et témoin. Ces cibles, d’étude et témoin, sont marquées avec un marqueur fluorescente différent et une image est obtenue, pour chaque marqueur et chaque lame, à l’aide d’un scanner laser.
Ces images sont analysées de façon à obtenir des données correspondantes aux ratios d’expression entre les populations cibles et témoin. L’analyse de ces images comporte des étapes de localisation des spots, d’extraction de bruit, de segmentation des spots et d’extraction des données. Des valeurs relatives pour l’expression de chacun des gènes présents sur la puce sont ensuite obtenues après filtrage et normalisation des données issues de l’analyse d’image.
Finalement, il est possible de passer aux étapes d’analyse et traitement statistiques des données de l’expérience et l’obtention des information biologiques des profils étudiés.
Les différentes étapes de une expérience puce ADN peuvent être visualisées à l’aide du schéma suivant.




La technologie à laquelle nous nous intéressons dans le cadre de cette étude concerne l’étape intermédiaire du traitement d’image. Pour pallier aux problèmes spécifiques posés par une image de puce ADN, une équipe au sein du Laboratoire de Cancérologie Expérimentale à la Direction des Sciences du Vivant du CEA, à conçu et développé un logiciel permettant d’analyser, de façon automatique, ces images. Parmi les avantages de ce logiciel se trouvent, d’un côté sa robustesse et reproductibilité et de l’autre son dégrée d’autonomie que réduit considérablement le temps de manipulation nécessaire.

Questionnaire
Nous vous remercions du temps que vous consacrez à répondre à ce questionnaire. Il est composé de 7 questions d’ordre général sur le marché des puces ADN. Le temps total de réponse à été estimé à environ 5 minutes. . Exprimer votre réponse dans les cases grisées.

A.Marché puces ADN


En 2002, le marché mondial des Puces ADN sur lame de verre et sur Nylon (Puces à oligo-nucléotides inclus) s’élevait à $829 millions reparti de la manière suivante, $497 millions pour les puces faites « maison » et $332 millions pour les puces préfabriquées (type Affymétrix, Agilent …). Le marché des puces ADN comprend les puces ADN, les robots, les fabriquant de scanner et les phases de traitement d’images et de données.
1 : Le cabinet Frost&Sullivan a prévu une augmentation du marché des puces ADN de 63% jusqu’à 2004 (données 2001). Selon vous, quel serait le taux de croissance actuel du marché des puces ADN ?





0 à 20%




20 à 40%




pus de 80% annuel




60 à 80%




40 à 60%








2 : Affymetrix est le principal fournisseur de puces ADN pour la recherche et l’industrie avec 45% du marché globale et plus de 80% du marché des puces pré-fabriqués. De plus, Affymetrix subi une croissance annuel de plus de 40% en Europe. D’après vous, la proportion d’utilisation des puces Affymetrix dans les prochaines 5 années devrait :





Croître à un rythme plus fort que celui du marché global




Croître de façon stable et avec le marché




Se maintenir stable et perdre de la place régulièrement dans le marché




Reculer dans le marché des puces ADN sur lame de verre


On peut diviser les puces ADN en trois sous-systèmes.

  • Système de Puces ADN Préfabriquées comme par exemple Affymetrix

  • Système de Puces ADN faites « maison ».

  • Système de Puces ADN « Dédié ».


D’autre part, on constate de nombreux investissements dans les applications de masse pour les Puces ADN. Des partenariats s’établissent comme par exemple Affymtrix et Roche dans le secteur pharmaceutique ; Biomérieux dans le secteur du diagnostic ou encore dans le secteur hospitalier.
3 : Selon vous, quel est le potentiel des Puces ADN et le type de système Puces ADN (préfabriquée, maison, dédié) qui sera utilisé dans les secteurs suivants, et dans combien de temps ?


Pharmacologie

Potentiel utilisation





Fort




Moyen




Faible

Type de système




Préfabriqué




« Maison »




Dédié

Combien de temps :







Diagnostic

Potentiel utilisation





Fort




Moyen




Faible

Type de système





Préfabriqué




« Maison »




Dédié

Combien de temps :







Agroalimentaire

Potentiel utilisation





Fort




Moyen




Faible

Type de système





Préfabriqué




« Maison »




Dédié

Combien de temps :






B.Marché traitement d’image


Nous estimons aujourd’hui pour les logiciels d’analyse d’images de Puces ADN qu’il existe environ 15 logiciels commercialisés et 8 logiciels académique /libre.
4 : Selon vous et de façon approximative combien de logiciels commercialisés et académiques/libre pourront être disponibles dans les cinq à dix prochaines années ?


Le nombre de logiciel commercialisé 




Le nombre de logiciel Académique/libre





5 : Différents solutions existent pour la mise à disposition d’un logiciel d’analyse d’image de Puces ADN A quel niveau serait-il plus intéressant d’intégrer le module de traitement d’image ?





Avec le scanner




Indépendamment des autres étapes de traitement




Avec l’étape de traitement des données

Autre Préciser :

Pourquoi ?


C.Technique traitement d’image



6 : Classez par ordre décroissant (1à 6), les qualités qui vous semblent plus importantes pour un logiciel de traitement d’image de puces ADN :





Interface utilisateur




Vitesse de calcul




Degré d’automatisation




Temps de manipulation utilisateur




Robustesse traitement




Prix


7 : Considérez vous que le niveau d’automatisation d’un logiciel de traitement d’images de puces ADN est une caractéristique à privilégier au détriment de l’intervention de l’utilisateur ?





Oui, le traitement devrait être le plus automatisé possible




Oui, avec des étapes de validation




Oui, mais gardent des étapes plus critiques pour contrôle humain




Non, l’utilisateur devrait être en mesure de contrôler l’ensemble du processus


8: Selon votre expérience, doit-on filtrer le bruit de fond de l’image dans un traitement d’image de puces ADN ?





Oui




Non

Pourquoi ?





Pour utilisateurs puce ADN




D.Matériel utilisé et opinion



Cette partie du questionnaire vise à récolter des informations sur les conditions d’utilisation des logiciels d’analyse des Puces ADN . Cette partie est pertinente pour les utilisateurs de puces ADN à lame de verre ou Nylon.

Si vous utilisez uniquement un système intégré de type Affymetrix ou autre, veuillez nous le spécifier et nous retourner le questionnaire en état.





J’utilise un système intégré (origine) :






1 : Quels scanners sont couramment utilisés dans votre laboratoire ?





Hewlett Packard




Agilent




Arrayit (TeleChem Int)




Axon




Bioret




PerkinElmer




Affymetrix




Alpha Array







Autre Preciser :





2 : Quel logiciels de traitement d’image de puces ADN utilisez vous dans votre laboratoire ?


Système commercial



Système Académique/Libre




Genepix (Axon)







Spot (CSRIO)




Imagene (Biodiscovery)







Dapple




Jaguar (Affymetrix)







FSCAN (NIH)




Iconoclust (CloneDiag)







GridFinder (SourceForce)




AIDA (Raytest)







Scan Analize(Eisen Lab




Genespotter (Microdiscovery)










ScanArray alias QuantArray (Perkin Elmer)







Koadarray (Koada Technology)







Autre Preciser :






3 : Etes vous satisfait de la performance du logiciel de traitement d’image de puces ADN que vous utilisez ? (Si vous utilisez plusieurs logiciels indiquer, veuillez indiquer les noms)


Nom logiciel :







Très satisfait




moyennent satisfait




Pas très satisfait




pas de tout satisfait

Pourquoi ?







Nom logiciel :







Très satisfait




moyennent satisfait




Pas très satisfait




pas de tout satisfait

Pourquoi ?





Nom logiciel :







Très satisfait




moyennent satisfait




Pas très satisfait




pas de tout satisfait

Pourquoi ?



4 : Si vous utilisez un logiciel intégré avec le scanner ou avec le logiciel de traitement de données, envisagerez-vous d’utiliser un logiciel indépendant ?





Oui




Non

Pourquoi ?





5 : Quel est le principal avantage du logiciel de traitement d’image que vous utilisez ?





Interface utilisateur




Vitesse de calcul




Degré d’automatisation




Temps de manipulation utilisateur




Robustesse traitement




Prix

Autre préciser





6 : Quel est le principal désavantage du logiciel de traitement d’image que vous utilisez ?





Interface utilisateur




Vitesse de calcul




Degré d’automatisation




Temps de manipulation utilisateur




Robustesse traitement




Prix

Autre préciser






7 : L’étape de traitement d’image représente quelle proportion du temps global d’une expérience(préparation échantillon, hybridation, traitement image, traitement données) d’une puce ADN ?





0 a 15%




15 à 30%




30 à 50%




plus de 50%


8 : La probabilité de réduire le temps dédié par l’expérimentateur sur l’étude de traitement d’image vous paraît-elle ?





Fondamentale pour les projets futurs (analyse grande échelle)




Très intéressant (pour optimiser le processus d’analyse Puces ADN)




Intéressant (Bien qu’il ne soit pas un facteur handicapant)




Négligeable (Etant donné le temps global de l’expérience et la confiance voulu dans le résultat de l’expérience)


9 : Sur quel système opératif travaillez vous vos données de puces ADN :





Windows XP/2000/98




Linux




Sun OS

Autre (préciser) :




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