Recherche d’information sur le gène pmr2 (Powdery Mildew Resistance 2)





titreRecherche d’information sur le gène pmr2 (Powdery Mildew Resistance 2)
date de publication05.10.2017
taille7.8 Kb.
typeRecherche
TD utilisation des données de TAIR

  1. Utilisation d’une fiche Genbank

Vous disposez d’une fiche Genbank concernant la séquence génomique d’un BAC d’Arabidopsis thaliana (AL356332 ) et d'un BAC d'homo sapiens (AC006486). Dans le but de mieux comprendre ces fiches, vous allez vous connecter sur la page internet du NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov

Sélectionnez la base de données Nucléotide et tapez dans la fenêtre située à coté de la base de données sélectionnée le numéro d’accession correspondant au BAC que vous allez étudier. Appuyez sur Go. Cliquez sur le lien correspondant, vous obtenez l’intégralité d’une fiche d’annotation.

Cette fiche se divise en 3 parties : délimitez ces 3 parties et identifiez les différents mots clés présents dans chacune de ces parties.

Quelle est la taille de la séquence d’ADN ? De quel chromosome provient cette séquence ?

Quelle est la date de mise à disposition de la séquence et de l’annotation ? Quels sont les auteurs, et y a-t-il une publication associée à cette séquence ? Concernant l’annotation, combien de gènes ont été prédits sur cette séquence ? Donnez leur position et la fonction prédite pour chacun des 10 premiers gènes ?

II. Visualisation sur un Génome Browser

Charger la page du génome browser humain https://genome.ucsc.edu/ et recherchez d'autres informations sur un des gènes présents sur le BAC humain.

III. Recherche d'informations dans une base de données spécialisée : le TAIR

Identification d’un gène à partir de son code AGI :

    1. Utiliser le code At2g46990 pour déterminer à quoi correspond ce gène.

    2. Utiliser le symbole du gène PHYA pour déterminer la fonction de ce gène

Recherche d’information sur le gène PMR2 (Powdery Mildew Resistance 2)

Trouver son code AGI

Annotation structurale

  1. Combien de variants d’épissage possède-t-il ?/Combien d’exons

  2. Lequel possède la région codante la plus courte ?

Annotation fonctionnelle

  1. Quel est l’autre nom de ce gène ?

  2. Quelles sont les informations permettant de dire que ce gène est impliqué dans la réponse de défense contre les champignons (“defense response to fungus, incompatible interaction »)

  3. Combien de loci sont annotés avec ces termes ?

  4. Combien d’ADNc sont associés à ce gène ?

  5. Lesquels sont disponibles dans le stock ABRC

  6. Quelle est la longueur de la région codante des ADNc pleine longueur

  7. Pour le polymorphisme PERL0025782, quel est le SNP entre Col et Bor-4?

  8. Est-ce que le mutant pmr2-1 forme des lésions en réponse à une attaque de champignon?

  9. Quelle est la localisation putative de l’insertion ADN-T mlo2-6.

  10. Quel papier mentionne aussi le gene PMR3?

  11. Combien de papiers mentionnent l’allèle mutant mlo2?

Analyse de l’expression

  1. En étudiant les résultats eFP, les niveaux d’expression sont-ils plus elevés dans les raciness ou les bourgeons d’une plantule, 6h après un traitement au froid 

  2. Dans la base de données SUBA, rechercher les informations qui permettent de trouver la localisation de la protéine?

  3. Sur la page AT-TED II, combien de genes sont directement liés à PMR2 par des analyses de co-expression, et lequel à la plus forte correlation?


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