 UE9 Agents infectieux
06/02/2013 15h30/17h
Pr Le Goff
Ronéotypeur : Bastien Garnier
Ronéolectrice : Odile Huynh
Cours n°15 : Virus responsables d’infections respiratoires
Plan :
I.Introduction
II.La grippe
1. Les 3 types de virus grippaux
2. Variabilité des virus grippaux
3. Quelques dates marquantes
4. Réassortiment de virus grippaux
5. Transmission
6. Epidémiologie
7. Histoire naturelle de la grippe
8. Symptomatologie
9. Complications
10. Diagnostic urgent de grippe
11. Traitement
12. Indications du traitement
13. Effets secondaires du vaccin
14. Contre-indications
III.Les paramyxovirus
1. Le VRS
2. Le métapneumovirus humain (hMPV)
3. Les virus parainfluenza (PIV)
IV.Les coronavirus
V.Les picornaviridae
VI.Les syndromes grippaux
VII.Les virus à ADN
Les adénovirus
VIII.Les autres virus
Le bocavirus
Les polyomavirus
Les herpès virus
Le virus de la rougeole
Les hantavirus
IX.Conclusion
Le prof était censé mettre les diapos sur didel le lendemain mais bien sur il ne l’a pas fait. Essayez d’aller checker sur didel, il devrait les mettre un jour ou l’autre. (J’avais mis des photos mais à l’impression on voyait rien du coup je les ai enlevées). Il m’a dit que le plus important était de bien connaître la grippe et pour l’examen, il dit de regarder les annales donc a priori c’est à peu près le même genre de questions qui va tomber, après je refuse toute responsabilité si ça n’a rien à voir ! Voilà bon courage !
I.Introduction :
La première diapo est une diapo clé avec l’ensemble des virus pouvant donner des infections respiratoires :
- les virus qui sont associés de façon certaine à des infections respiratoires : Adenoviridae, Parvoviridae, Paramyxoviridae, Oxomyxoviridae, Coronaviridae, Picornaviridae.
- les virus donnant des infections respiratoires soit de façon opportuniste, soit qu’on détecte mais dont on n’est actuellement pas certains de leur pathogénicité respiratoire : Herpesviridae, Polyomaviridae.
La grande majorité des infections respiratoires sont liées à des virus ARN. On a les virus à ARN simple brin :
- avec une polarité négative (ils ont besoin de passer par un intermédiaire ARN positif pour synthétiser les protéines). Exemple : les Paramyxoviridae et les Oxomyxoviridae
- avec une polarité positive. Exemple : les Coronaviridae et les Picornaviridae.
Des virus à ADN peuvent aussi donner des infections respiratoires :
- les adénovirus (famille des Adenoviridae) +++
- un virus de la famille des Parvovirus
- les virus de la famille des Herpès
- un virus de la famille des Polyomavirus
Tous les virus sont susceptibles d’atteindre l’ensemble de l’arbre respiratoire (rhinite au niveau nasal, puis laryngite, pharyngite, trachéite ; et au niveau de l’arbre respiratoire inférieur : bronchite, bronchiolite, pneumonie).
Les noms de genres des différents virus donnant des infections respiratoires sont :
- pour la famille des virus à ARN : le virus Influenza, Parainfluenza, le virus respiratoire syncytial (VRS), le Metapneumovirus (hMPV), le Rhinovirus, Entérovirus, Paréchovirus, les Coronavirus.
- pour la famille des virus à ADN : l’Adénovirus, le Bocavirus et les Polyomavirus.
- d’autres virus peuvent donner des infections respiratoires de façon plus anecdotique mais qui ont leur importance : les herpes virus, la rougeole (qui est une maladie qui a réémergé en France ces 3 dernières années), les hantavirus (avec notamment une alerte dans le parc des Yosémites en Californie).
Le problème des infections respiratoires virales est que même si un certain nombre de virus sont associés à une symptomatologie particulière, il n’y a pas de relation exclusive entre la symptomatologie et les virus (diagnostic étiologique « clinique » difficile).
Sur la diapo, les virus qui sont le plus fréquemment retrouvés sont au milieu ; et les virus qui peuvent également être associés à des infections respiratoires sont à droite.
Globalement (sauf quelques petites exceptions), on peut retrouver toutes les étiologies dans tous les syndromes ; il est très difficile de déterminer uniquement sur des critères cliniques l’origine de l’infection. Pour :
la rhinite : les agents les plus communs sont les Rhinovirus et les Coronavirus
la pharyngite : Rhino/Adeno/VRS/Parainfluenza/grippeA/grippeB
la laryngite : le Parainfluenza +++
la bronchite : le Rhinovirus/VRS/Parainfluenza
la bronchiolite : le VRS et son cousin le Metapneumovirus (hMPV)
la pneumonie : le virus de la grippe (Influenza) et l’adénovirus
le syndrome grippal : le virus Influenza. Et on verra par la suite que tous les virus peuvent être à l’origine d’un syndrome grippal.
Ce tableau montre la complexité de la symptomatologie et comment il est difficile de relier un virus à un symptôme, particulièrement la grippe qui ne donne pas forcément un syndrome grippal.
L’étiologie et la symptomatologie sont également variables en fonction :
de l’épidémiologie, c’est-à-dire de la saison, de la région (même au sein d’un territoire comme la France, l’épidémiologie peut varier en fonction des régions)
de la population : les enfants et les adultes ne sont pas susceptibles aux mêmes infections virales
des co-morbidités, en particulier type asthme, BPCO ou mucoviscidose, ou les patients immunodéprimés (par exemple on aura des infections respiratoires bénignes chez l’immunocompétent et malignes chez l’immunodéprimé).
II. La grippe :
1. Les 3 types de virus grippaux
Il y a 3 types de virus grippaux : A, B, et C.
Le type A infecte l’homme et de nombreux mammifères terrestres et marins, les oiseaux étant le réservoir naturel du virus (et ne sont généralement pas malades).
Le type B infecte l’homme et le phoque.
Le type C infecte lui l’homme, le porc et le chien. Il est peu recherché chez l’homme car il est peu pathogène et confère une immunité protectrice.
Ce sont des virus à ARN enveloppés, avec 2 protéines majeures à la surface du virus : la neuraminidase et l’hémagglutinine, indispensables à l’entrée du virus dans la cellule. Le virus de la grippe est un virus à ARN segmenté : 8 segments codent pour différentes protéines.
La neuraminidase a une activité enzymatique de sialidase : elle coupe la liaison entre l'acide sialique et l’hémagglutinine, ce qui permet l’entrée du virus dans la cellule. Cette coupure permet :
de faciliter l’entrée du virus une fois qu’il s’est attaché
de relarguer le virus puisqu’au moment du bourgeonnement du virus à la surface de la cellule, les acides sialiques conservent le virus et la neuraminidase permet le relargage du virus et donc la dissémination de l’infection. Wikipédia : Après réplication du virus dans la cellule, la neuraminidase du virus scinde à la surface des cellules infectées les liaisons de résidus d’acide sialique lié à l’hémagglutinine elle-même ancrée à la surface cellulaire. Cela permet le relargage du virus qui se dissocie de la membrane cellulaire et peut ainsi infecter d'autres cellules.
L’hémagglutinine permet elle l’attachement du virus à la membrane cytoplasmique des cellules à infecter, plus particulièrement aux acides sialiques, qui sont des récepteurs cellulaires. Il existe deux types d’acides sialiques :
ceux liés au galactose en alpha 2,3
ceux liés au galactose en alpha 2,6
Cette répartition en alpha 2,3 ou alpha 2,6 est différente entre l’homme et les oiseaux et donc explique le tropisme variable des virus Influenza qu’ils soient aviaires ou humains.
2. Variabilité des virus grippaux
Les virus grippaux sont très variables grâce :
aux glissements antigéniques faits de mutations partielles donnant des souches épidémiques (liées aux erreurs de réplication de l’ARN virale) : du fait que ce soit un génome à ARN, on a une variabilité importante puisque l’étape de réplication de l’ARN est associée à des enzymes qui sont peu fidèles et qui induisent donc des erreurs de la réplication.
aux échanges de fragments de gènes entre différents virus avec apparition de nouvelles protéines hémagglutinines et neuraminidases (si une cellule est infectée par 2 virus, il peut y avoir, lors de la maturation des virions, échange de fragments et donc recombinaison de virus.) Ces échanges de fragments peuvent conduire à une pandémie qui est une forte augmentation dans l’espace et le temps des cas de grippe suite à la circulation d’un virus de composition antigénique nouvelle sans immunité préexistante de la population. (C’est ce qu’il s’est passé en 2009 avec un nouveau virus H1N1. La population n’était pas immunisée et donc il y a eu une diffusion importante du virus. Heureusement le virus était peu pathogène et la mortalité a été limitée.) : La neuraminidase comporte 9 sous-types de N1 à N9 et l’hémagglutinine 16 sous-types de H1 à H16, donc toutes les combinaisons sont théoriquement possibles in vivo. Cela génère une variabilité considérable, qui est à la source des différentes épidémies voire endémies qui surgissent chez l’homme.
3. Quelques dates marquantes
Quelques dates (à ne pas retenir) pour voir l’évolution des virus, et souligner que parmi toutes les neuraminidases et hémagglutinines possibles, très peu sont représentées dans la population humaine :
En 1918-1919, un virus à H1N1 (grippe espagnole) a été responsable de 40 millions de morts.
Après on a eu des pandémies H2N2 puis des pandémies H3N2.
En 77 un nouveau virus H1N1 a circulé jusqu’en 2009 ; et en 2009 un nouveau virus H1N1 circule, plus proche de celui de 1919, ce qui explique pourquoi, de façon exceptionnelle, la population des personnes de plus de 65ans était mieux protégée que les jeunes puisqu’elle avait déjà rencontré le virus entre 1918 et 1977.
Il y a eu d’autres risques pandémiques avec des virus H5N1, H9N2, H7N7 qui ont donné lieu à quelques décès humains.
En 2004-2005, une nouvelle émergence d’un virus H5N1 avec une forte mortalité a déclenché des craintes de pandémies car il est très pathogène et peu adapté à l’homme. Contrairement aux autres virus, il a la possibilité d’une infection généralisée alors que les autres restent très localisés au niveau de l’arbre respiratoire. Le virus H5N1 est donc très surveillé.
Si on regarde bien de 1918 jusqu’à nos jours, on n’a que les hémagglutinines H1, H2 et H3 et les neuraminidases N1 et N2 qui sont représentées de manière réelle dans la population. Les autres H5 H9 H7 et les autres neuraminidases n’ont pour l’instant pas donné lieu à des pandémies humaines.
4.Réassortiment de virus grippaux
Le problème de la grippe est lié à cette circulation entre les différentes espèces et notamment entre l’homme, le porc et les oiseaux. La particularité des virus grippaux est qu’ils ont un tropisme soit humain, soit aviaire.
Au niveau aviaire, ils s’attachent aux acides sialiques de type alpha 2,3
Chez l’homme ils s’attachent plutôt aux acides sialiques de type alpha 2,6. Il y a chez l’homme aussi des acides sialiques de type alpha 2,3 mais plutôt au niveau de l’arbre pulmonaire. Au niveau de l’arbre respiratoire supérieur, il s’agit plutôt d’acides sialiques de type alpha 2,6 ; et pour que le virus pénètre dans l’organisme, il est plus facile qu’il se multiplie au niveau supérieur qu’au niveau inférieur, donc les virus aviaires alpha 2,3 infectent difficilement l’homme car ils sont peu adaptés à se répliquer au niveau de l’arbre supérieur. C’est la raison pour laquelle le virus H5N1 n’a pas diffusé dans la population humaine puisqu’il ne pouvait pas se répliquer dans des cellules avec des récepteurs alpha 2,6. En revanche, un individu qui se contaminait avec une charge virale importante devenait très malade puisqu’il y avait une diffusion directe du virus au niveau pulmonaire.
Le porc, lui, est susceptible aux deux types de virus qui s’attachent aussi bien aux récepteurs alpha 2,3 qu’alpha 2,6. C’est donc un hôte intermédiaire parfait pour faire des recombinaisons. C’est notamment ce qu’il s’est passé en 2009 où on a des virus aviaires et des virus humains qui se sont mélangés entre eux chez le porc et qui ont donné un virus sortant qui avait une nouvelle composition et qui avait un tropisme pour les récepteurs alpha 2,6.
Et récemment aux USA, où il y a fréquemment des foires agricoles avec un contact rapproché entre la population humaine et les animaux, on a vu l’émergence d’un nouveau virus H3N2 qui pour l’instant n’a pas diffusé, n’a pas donné lieu à une pandémie mais qui a donné lieu à de nouveaux cas d’infections respiratoires de type grippe sévère.
5. Transmission
Transmission directe entre deux individus par les sécrétions respiratoires (les gouttelettes de Pflüge au moment de la toux ou de l’éternuement)
Le virus pénètre dans le corps par le nez, la bouche, éventuellement les yeux (on peut avoir des cas de conjonctivites).
C’est un virus assez contagieux
Il ne faut pas perdre de vue qu’il peut y avoir des porteurs asymptomatiques qui peuvent également le transmettre sans être malade.
D’autre part, il y a également une transmission indirecte (notamment nosocomiale ++) : le virus peut garder son caractère infectieux sur des surfaces, sur les mains.
6. Epidémiologie
La grippe est ubiquitaire, elle donne des épidémies mondiales pendant l’hiver.
On voit sur la carte du Monde un gradient Nord-Sud avec les pays du Nord (Canada, USA, Scandinavie, France…) beaucoup plus touchés que les pays du Sud (par exemple l’Afrique, où les épidémies de grippe sont quasiment inexistantes).
La transmission du virus est variable entre les adultes et les enfants : dans un groupe d’adulte, la transmission surviendra dans 1 cas sur 10 alors que dans un groupe d’enfants, elle surviendra dans 1 cas sur 3. On constate notamment une décroissance ou un arrêt de l’épidémie pendant les vacances scolaires puisque les enfants ne sont plus ensemble à l’école (stagnation de l’épidémie), mais dès que l’école reprend, l’épidémie reprend. Les enfants sont un vecteur très important de grippes.
La grippe est responsable d’une mortalité qui est certaine. En France, elle est estimée à 28 décès pour 100 000 personnes infectées ; et 10 000 à 40 000 décès sont constatés chaque année aux USA à cause de la grippe, que ce soit directement lié au virus de la grippe ou à cause des complications notamment les complications bactériennes.
En fonction des continents, on a une répartition différente des virus ; et dans chaque région, les virus varient chaque année.
Actuellement, en France, d’après les données du réseau GROG (correspond à un réseau de médecins volontaires qui font des prélèvements au cabinet pour déterminer si en présence d’un syndrome grippal, il s’agit bien de la grippe), on est quasi au seuil épidémique et le pic, selon les prévisions, sera atteint la semaine prochaine, puis à partir de la semaine suivante, on aura le début de la décroissance. Cette année, quasiment toutes les régions ont été concernées par l’épidémie en même temps et les deux types, A et B sont représentés sans prédominance de l’un ou l’autre.
Le réseau sentinelle, lui, rapporte le nombre de syndromes grippaux qui sont définis dans ce réseau par :
une fièvre supérieure à 39°C
un début brutal
des myalgies.
/ !\ Attention : la définition de syndrome grippal peut varier d’un institut à un autre, d’une publication à une autre, donc le terme de syndrome grippal en lui-même ne veut pas dire grand chose.
Le réseau sentinelle montre également à la même semaine une forte prévalence des syndromes grippaux (la différence avec le réseau GROG est que dans le réseau sentinelle ils ne font pas de prélèvement, donc on ne met pas en évidence le virus de la grippe. C’est pour cela qu’on parle de « syndromes grippaux », qui peuvent être dus à d’autres virus que ceux de la grippe).
L’épidémie est variable chaque année (les virus, la période, et l’intensité). L’année dernière, on avait beaucoup plus de virus de type A que de type B alors que cette année on a un mélange des deux. Les périodes ne sont pas les mêmes non plus : on a atteint le pic d’épidémie fin février l’année dernière alors qu’on l’a atteint début février cette année. L’explication de cette variabilité de début d’épidémie est assez peu connue mais on sait qu’elle est liée aux conditions climatiques.
La grippe est surveillée de façon très précise par des centres nationaux de référence (CNR) (un à Paris, l’autre à Lyon) et par 4 centres OMS (à Londres, Atlanta, Genève et Melbourne).
Les CNR et les centres OMS surveillent les épidémies, l’évolution des virus notamment les glissements antigéniques et l’apparition de nouveaux virus qui pourraient entraîner l’apparition d’une pandémie. C’est cette surveillance très étroite qui permet chaque année :
de revoir la composition du vaccin
d’alerter les autorités en risque de pandémie, ce qui a été relativement bien fait en 2009.
|
