Bibliographie : 39





télécharger 219.39 Kb.
titreBibliographie : 39
page4/10
date de publication03.02.2017
taille219.39 Kb.
typeBibliographie
m.20-bal.com > droit > Bibliographie
1   2   3   4   5   6   7   8   9   10

3Matériels et méthodes



Le travail a comporté deux étapes :


  • la première a reposé sur une méta-analyse de la littérature épidémiologique disponible sur le risque infectieux digestif associé à la contamination microbiologique des eaux de baignade, avec pour finalité de décrire les fonctions exposition-réponse caractérisant ce risque, pour les différents germes indicateurs ou pathogènes étudiés, les différents types d’eau et, le cas échéant, différentes catégories de population (enfants, adultes…) ;

  • la seconde a consisté à utiliser ces fonctions exposition-réponse pour caractériser le risque associé à différents niveaux de contamination des eaux de baignade; sur la base des résultats de cette évaluation du risque, les autorités sanitaires peuvent déterminer un niveau jugé comme ‘acceptable’.

3.1Caractérisation des relations exposition-réponse

3.1.1Choix de la méta-analyse


Caractériser les risques infectieux liés à la baignade dans le cadre de l’union européenne (UE), nécessite de s’appuyer sur des relations exposition-réponse qui soient valides et généralisables. En effet, le but de la démarche est de parvenir à établir des critères de qualité qui soient transposables à l’échelle de la communauté européenne, zone géographique de grande importance présentant une grande diversité sur le plan climatique et biologique. Par ailleurs, les directives européennes constituent aussi le cadre réglementaire dans des territoires rattachés à des Etats membres et situés aux quatre coins du monde : Caraïbes, Polynésie, Océan indien, Amérique du sud, Groenland…Dans ces conditions, il a semblé nécessaire de s’appuyer sur des données épidémiologiques recueillies sur des sites et des terrains très divers.
La réalisation d’une étude épidémiologique multicentrique menée sur la base d’un protocole commun préétabli dans les différentes régions ou Etats de l’UE aurait pu être envisagée. Mais cette option était longue coûteuse et difficile à mettre au point. Compte tenu des crédits disponibles, de l’organisation requise et des délais impartis, il a été impossible de retenir cette méthode dans le cadre de ce travail. Cependant, une proposition pourrait être soumise à la Commission européenne pour financer ce type de travaux de grande ampleur utiles pour valider ou amender la future norme constituant la future directive.
Une autre possibilité était de s’appuyer sur les études et données existantes et de réaliser une méta-analyse de leurs résultats. L’a recherche bibliographique a montré que les travaux dans ce domaine étaient nombreux et ont été réalisés dans différents Etats, avec des contextes environnementaux, mais aussi des approches méthodologiques variés. Malgré cela, les résultats de ces études semblaient globalement homogènes et l’effectif total de la population concernée était très important.
Il a été estimé que des conditions favorables au calcul d’un méta-risque étaient réunies.

3.1.2Critères de sélection des études


Les publications sur les risques sanitaires liés aux baignades et à des expositions hydriques similaires (sports aquatiques) ont été sélectionnées sur la base de critères d’inclusion et d’exclusion définis ci dessous.

3.1.2.1Critères bibliographiques


Une recherche des études référencées dans les bases de données MEDLINE, BIOSIS, PASCAL, BDSP et OIE a été effectuée sur la base des mots clés indiqués en annexe 2. La période de publication s’étend depuis l’année 1971 (origine de la base Medline) jusqu’au 31 mars 2000. Les langues prises en compte étaient le français, l’anglais, l’allemand et l’espagnol.

3.1.2.2Critères permettant la mesure de l’exposition


Les résultats de la recherche bibliographique montrent que de nombreuses tentatives pour définir de nouveaux indicateurs du risque sanitaire. Certaines études se sont appuyées sur des dénombrement des bactéries pathogènes ou opportunistes, mais également sur les souches virales ou des marqueurs de la présence virale (bactériophages). Malgré les progrès des techniques de laboratoire dans ce domaine (immunofluorescence, marquage sérique …), ces recherches de pathogènes s’avèrent délicates à mettre en œuvre et peu adaptées à la surveillance. A ce jour, aucun indicateur ne semble s’imposer par rapport aux germes indicateurs de contamination fécale (GICF) classiques, bien adaptés aux analyses de routine et largement transposables et reproductibles. Une revue des indicateurs de contamination utilisés dans les études retenues a été effectuée. Parmi eux, les germes les plus largement utilisés, ainsi que ceux cités régulièrement par les auteurs comme corrélés avec la pathologie digestive ont été retenus pour la mesure de l’exposition :

  • Coliformes totaux ;

  • Escherichia coli ou coliformes fécaux ;

  • Streptocoques fécaux ou entérocoques ;

  • Entérovirus.

3.1.2.3Critères permettant la mesure de la morbidité


Les études qui ne s’intéressaient pas à la morbidité digestive ont été exclues. Une définition de la morbidité digestive était nécessaire car il existe une grande diversité de symptômes associés à des troubles gastro-intestinaux. Les auteurs des travaux publiés ont habituellement défini les symptômes étudiés et parfois opéré des regroupements. Pour travailler sur des bases uniformes, trois grandes catégories de symptômes ont été retenus dans le cadre de la méta-analyse correspondant aux définitions majoritairement utilisées :

  • Troubles digestifs généraux (TDG) comprenant la totalité des troubles digestifs déclarés : nausées, vomissements, diarrhée, douleurs abdominales, avec ou sans fièvre.

  • Troubles Digestifs Objectifs (TDO) : il s’agit de manifestations (diarrhées ou vomissements) plus objectives que des symptômes tels que les douleurs abdominales ou stomachales.

  • Troubles Digestifs les Plus Crédibles (HCGI). Cette définition introduite par Cabelli et Dufour en 1983 (7) a été largement reprises par les études suivantes. Elle correspond à des troubles très objectifs comme les vomissements ou les associations diarrhée + fièvre, ou douleur abdominale + fièvre, et apparaît comme la plus spécifique pour qualifier ces désordres de gastro-entérite.


Dans certaines publications, le protocole de l’étude n’avait pas prévu le regroupement des symptômes, ou l’auteur avait jugé qu’il était préférable de publier les données brutes. Les taux de diarrhée, de vomissement, de douleurs abdominales étaient alors détaillés. Dans ce cas, il n'a pas été possible de reconstituer ultérieurement les effectifs correspondant aux définitions types (TDG, TDO et HCGI). Un individu pouvait en effet présenter concomitamment plusieurs symptômes, ce qui aurait conduit à surestimer le nombre de malades. Pour minimiser ce risque d’erreur, le symptôme présentant le taux d'attaque le plus élevé a été retenu et a été classé comme TDG (une légère erreur par défaut pourrait en résulter). Parfois, la terminologie employée par l’auteur était différente de celle définie précédemment. Dans ce cas, pour affecter les effectifs aux catégories prédéfinies, nous sommes systématiquement revenus à la définition de la maladie publiée par l’auteur,.

3.1.2.4Critères méthodologiques


Les travaux qui ne prenaient pas en compte ou ne permettaient pas d’estimer une exposition individuelle n’ont pas été retenus. Cette estimation ‘individuelle’ n’excluait cependant pas l’utilisation de données microbiologiques écologiques dès lors que les pratiques de baignades étaient caractérisées pour chaque sujet. Les enquêtes de cohorte qui ne fournissaient pas les effectifs de référence dans chaque groupe ou classes d'exposition ont été exclues. Les études qui ne permettaient pas d’extraire ou de recalculer des estimations des variances des risques relatifs ou autres mesures du risque, étaient également exclues car cette donnée était indispensable pour le calcul du méta-risque.
Les publications intermédiaire présentant, par exemple, les résultats d’études pilotes, ou s‘inscrivant dans un programme de recherche plus complet n’ont pas été prises en compte individuellement, mais incluses dans le résultat final ou synthétique. Cependant, les informations figurant dans ces rapports d’étape ont été utilisées, en particulier quand elles apportaient des précisions sur l’étude (protocole, mesure de l’exposition …). Quand un document rapportait des résultats d’études différentes sur le plan du protocole, de l’aire géographique ou de la population, les diverses données produites ont pu être exploitées individuellement en raison de leur indépendance.
Certaines études ont donné lieu à plusieurs publications avec des conclusions différentes. Les auteurs ont pu, par exemple, retravailler les données initiales avec des outils statistiques conduisant à des interprétations différentes. Dans ce cas, l’étude initiale a été prioritairement retenue, en reprenant les données brutes de l’enquête, quand elles étaient disponibles. Pour certaines études, des documents annexes présentant des résultats détaillés des études métrologiques et/ou les données brutes sur le plan épidémiologique étaient disponibles. Ces documents ont été exploités pour viser à une plus grande précision sur le plan quantitatif. Par contre, l'évaluation qualitative des expositions et des risques retenue pour la méta-analyse a été uniquement basée sur la publication ‘princeps’.

3.1.3Analyse des données et conventions


Pour chaque article ou rapport, des données ont été recueillies systématiquement afin de renseigner une ou plusieurs fiches présentées en annexe 3. Deux catégories de variables ont été distinguées.

3.1.3.1Les variables quantitatives mesurant l’exposition et les excès de risque


La variable mesurant l’exposition d’un groupe homogène de personnes est le niveau de concentration de chacun des germes étudiés représentatif de la contamination de l’eau au moment de la baignade. La grande majorité des auteurs ont retenu pour cette variable la moyenne géométrique des concentrations mesurées. Quand ce niveau n’a pas été fourni par l’auteur et que les bornes de l’intervalle des concentrations étaient indiquées, la moyenne géométrique de ces bornes a été retenue.
Les diverses études présentaient généralement plus de deux groupes d’exposition (un groupe ‘peu’ ou ‘pas exposé, d’une part, et 2 à plusieurs niveaux croissants d’exposition d’autre part). Afin de pouvoir ramener l’ensemble des résultats sur une échelle comparable, chaque contraste d’exposition a été estimé par un différentiel d’exposition en prenant toujours le groupe le moins exposé de l’étude considérée comme groupe de référence. Pour chaque différentiel d’exposition, le risque relatif (RR) a été extrait de l’étude ou, si nécessaire, calculé. Le risque relatif présente l’avantage d’être moins sujet aux différences de définition de la morbidité et des unités temporelles de calcul que les données brutes d’incidence ou que les risques attribuables. Ainsi, une étude donnée a pu déboucher sur la production de plusieurs fiches s’il existait plusieurs constrates d’exposition et/ou plusieurs types de populations (enfants, adultes…). Les valeurs de RR ont été ensuite log-transformées afin de procéder au calcul des ‘méta-RR’

3.1.3.2La qualité des études


Toutes les études n’ont pas la même qualité sur le plan méthodologique. La plus ou moins bonne caractérisation de l’exposition des sujets est, par exemple, un facteur pouvant influencer de manière forte les valeurs de l’association numération des germes-morbidité. La qualité des travaux menés est donc un facteur de variation à prendre en compte dans l’analyse des relations. Un score global permettant d’estimer la qualité de l’étude a ainsi été défini à partir de certaines variables jugées les plus pertinentes. L’annexe 3 explicite le mode de construction de ce score de qualité.
Les données ont été saisies sur le logiciel Epi Info Version 6.1 (8).
Dans un premier temps, la méta-analyse a consisté à réaliser une régression bivariée entre les différentiels d’exposition (écarts de concentrations moyennes pour un germe donné) contrastant deux groupes de sujets et le risque relatif correspondant, pour un effet morbide donné. L’effet sur la morbidité de diverses variables descriptives susceptibles de constituer des facteurs de confusion ou d’interaction a été étudié de manière bivariée. Les variables qui étaient associées au risque (valeur de p fixée à 15 % pour améliorer la sensibilité du test) ont été retenues en vue de l’analyse multivariée.
Dans un second temps, un modèle linéaire (sur l’échelle log des RR) multivarié a été construit pour étudier la relation existant entre les différentiels d’exposition et le RR, pour chaque couple germe/catégorie de morbidité pour lequel les données étaient suffisantes, en prenant en compte la série de variables d’ajustement ou d’interaction choisies au terme de la première étape. La note prise par la variable ‘score de qualité’ a été considérée comme variable d’ajustement ou d’interaction ; pour cela, elle a été transformée en une variable qualitative. Les valeurs de cette variable, qui s’établissaient de 28 à 79 (sur une échelle maximale de 100), ont été segmentées en deux classes séparées par la valeur médiane (62).
Le critère d’élimination des variables dans le modèle final a été p > 15 %. Pour tenir compte de l’hétérogénéité possible des résultats, cette modélisation a été faite successivement avec un effet fixe, puis un effet aléatoire ; le choix entre les deux étant fait en fonction du X2 d’hétérogénéité (p de décision à 15 %). La pente mesurant l’association entre les RR et la numération des germes permet de construire des fonctions de risque ajustées sur les divers facteurs de confusion. Au préalable, la linéarité est vérifiée sur les données non ajustées en comparant (F de Fischer) les modèles emboîtés avec la variable numération catégorisée en 3 terciles, et fixée comme variable quantitative (numération brutes) ; le seuil choisi est p < 15 % pour rejeter la linéarité.
La méta-analyse qui a été effectuée est de type II, et connaît ainsi les limites propres à cette forme de méta-analyse (biais de sélection, comparabilité incertaine des définitions des effets sanitaires ou des expositions, hétérogénéité des méthodes statistiques mises en œuvre…). Cependant, l’hétérogénéité est, pour une part, prise en compte par l’usage de modèles de régression multiple pondérée à effet aléatoire. Dans ces modèles, la variable expliquée (ici le log du RR issu de chaque étude, pour un niveau donné de concentration des germes), est une fonction linéaire pondérée de la variable explicative principale (la concentration) et de variables d’ajustement ou d’interaction. Le facteur de pondération est l’inverse de la variance du modèle aléatoire ; il s’agit de la somme de la variance du RR calculée par étude et de l’estimation de la variance inter-études des RR, faite à partir des données, par la méthode du maximum de vraisemblance exposée par Berkey et al1. Cette approche a été mise au point et appliquée dans le cadre du programme de recherche APHEA II.
Le traitement statistique des données a été réalisé avec le logiciel SPlus (9).

1   2   3   4   5   6   7   8   9   10

similaire:

Bibliographie : 39 iconBibliographie la bibliographie est commune aux membres du groupe
«Nom de l’encyclopédie ou du dictionnaire», titre du volume et numéro (si encyclopédie), pages consultées

Bibliographie : 39 iconBibliographie

Bibliographie : 39 iconBibliographie p. 52

Bibliographie : 39 iconBibliographie p 4

Bibliographie : 39 iconBibliographie p. 25

Bibliographie : 39 iconBibliographie La bibliographie

Bibliographie : 39 iconBibliographie

Bibliographie : 39 iconBibliographie

Bibliographie : 39 iconBibliographie

Bibliographie : 39 iconBibliographie





Tous droits réservés. Copyright © 2016
contacts
m.20-bal.com